В 2000 «Аэрофлот» пригласил группу британских консультантов с целью произвести «ребрендинг» — смену имиджа. Работа над этим продолжалась довольно долго. Наконец, в 2003 «Аэрофлот» представил новый вариант раскраски своих самолётов и униформы для экипажа. Была запущена крупная рекламная акция. Отдельного упоминания заслуживает символика «Аэрофлота». Крылатый серп и молот, бывший неотъемлемым символом авиакомпании с момента её основания, не устраивал команду, занимавшуюся ребрендингом. Более того, неофициально считалось, что клиентам из Западных стран будет «неуютно» пользоваться авиакомпанией, чья символика напоминает им о Советской эпохе. Но опыт показал, что серп и молот является самым узнаваемым символом компании, и его было решено оставить. А на пассажирообороте это никак не отразилось.

«Аэрофлот» провёл также модернизацию своего флота западного производства. Было приобретено 18 самолётов серии А320 для выполнения рейсов по Европе и 11 Боингов 767 для дальнемагистральных рейсов. К 2004 общий размер флота авиакомпании превысил 100 самолётов.

Добившись стабильности на рынке зарубежных перевозок, весной 2004 «Аэрофлот» приступил к активной экспансии на рынок внутренних авиалиний, где на тот момент лидерство удерживала авиакомпания «Сибирь» (S7). В планы «Аэрофлота» входит подчинить себе 30 % рынка к 2010. В 2006 это значение равно 9 %. Одним из первых шагов на этом пути стала покупка авиакомпании «Архангельские воздушные линии» и превращение её в дочернее предприятие «Аэрофлот-Норд». В ноябре 2006 стало известно о планах «Аэрофлота» поглотить дальневосточные авиакомпании «Дальавиа» и «Сахалинские авиатрассы».

14 апреля 2006 «Аэрофлот» вступил в альянс SkyTeam.